Mühendislik Fakültesi 23 Nisan 2015 yılında kurulmuştur. Fakültenin kurulmasından sonra Yazılım Mühendisliği, Elektrik-Elektronik Mühendisliği ile İnşaat Mühendisliği Bölümleri 11 Ocak 2017 tarihinde açılmıştır. Yazılım Mühendisliği Bölümü bünyesinde ilk öğrenciler Türkçe eğitim veren Yazılım Mühendisliği Lisans Programında 2017-2018 eğitim-öğretim yılında, İngilizce eğitim veren Yazılım Mühendisliği Lisans Programında ise 2021-2022 eğitim-öğretim yılında alınmıştır. Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü bünyesinde ilk öğrenciler İngilizce eğitim veren Elektrik-Elektronik Mühendisliği Lisans Programında 2018-2019 eğitim-öğretim yılında alınmıştır. İnşaat Mühendisliği Bölümü bünyesinde ilk öğrenciler İngilizce eğitim veren İnşaat Mühendisliği Lisans Programında 2018-2019 eğitim-öğretim yılında alınmış, 2022-2023 eğitim-öğretim yılı ile birlikte yeni öğrenci alınmaması yönünde karar verilmiştir.
Bilgisayar Mühendisliği ve Makine Mühendisliği Bölümleri 21 Mart 2018’de, Endüstri Mühendisliği Bölümü ise 28 Mart 2018’de açılmıştır. Bilgisayar Mühendisliği Bölümü bünyesinde ilk öğrenciler İngilizce eğitim veren Bilgisayar Mühendisliği Lisans Programında 2018-2019 eğitim-öğretim yılında, Türkçe eğitim veren Bilgisayar Mühendisliği Lisans Programında ise 2022-2023 eğitim-öğretim yılında alınmıştır. Makine Mühendisliği Bölümü bünyesinde ilk öğrenciler İngilizce eğitim veren Makine Mühendisliği Lisans Programında 2019-2020 eğitim-öğretim yılında alınmıştır. Endüstri Mühendisliği Bölümü bünyesinde ilk öğrenciler İngilizce eğitim veren Endüstri ve Sistem Mühendisliği Lisans Programında 2018-2019 eğitim-öğretim yılında alınmış, 2020-2021 eğitim-öğretim yılı itibariyle program Endüstri Mühendisliği Lisans Programı olarak devam etmiştir.
Biyomedikal Mühendisliği ile Biyoenformatik ve Genetik Bölümleri 3 Mart 2021’de açılmıştır. Biyomedikal Mühendisliği Bölümü bünyesinde ilk öğrenciler İngilizce eğitim veren Biyomedikal Mühendisliği Lisans Programında 2021-2022 eğitim-öğretim yılında alınmıştır. Biyoenformatik ve Genetik Bölümü bünyesinde ilk öğrenciler İngilizce eğitim veren Biyoenformatik ve Genetik Lisans Programında 2021-2022 eğitim-öğretim yılında alınmış, 2022-2023 eğitim-öğretim yılı ile birlikte yeni öğrenci alınmaması yönünde karar verilmiştir.
Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi 30 Haziran 2021 tarihinde kurulmuş ve Mühendislik Fakültesinde bu tarihten önce açılan tüm lisans programları ile Fen-Edebiyat Fakültesinde bulunan Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü bünyesindeki lisans programları ve Matematik Lisans Programı bu fakülteye taşınmıştır. Türkçe eğitim veren Moleküler Biyoloji ve Genetik Lisans programı ilk öğrencilerini 2017-2018 eğitim-öğretim yılında alırken İngilizce eğitim veren Moleküler Biyoloji ve Genetik Lisans programına ilk öğrenciler 2018-2019 eğitim-öğretim yılında alınmıştır. Türkçe eğitim veren programa öğrenci alımı artık yapılmamaktadır. İngilizce eğitim veren Matematik Lisans Programı ilk öğrencilerini 2019-2020 eğitim-öğretim yılında almıştır.
Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi kurulurken aynı tarihte Kimya Bölümü de açılmıştır. Kimya Bölümü bünyesinde İngilizce eğitim veren Kimya Lisans Programı ilk öğrencilerini 2021-2022 eğitim-öğretim döneminde almıştır.
Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi bünyesinde aktif olarak 10 bölümde yürütülen 2’si Türkçe, 10’u İngilizce eğitim veren toplam 12 lisans düzeyinde program bulunmaktadır.
Ayrıca, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü bünyesinde Fakültenin yürüttüğü 4 adet yüksek lisans, 1 adet doktora programı bulunmaktadır. Yüksek lisans programları; Moleküler Biyoloji ve Genetik, Bilgisayar Mühendisliği, Yapay Zeka Mühendisliği ile Siber Güvenlik şeklindedir. Doktora programı ise Kimya programıdır.
Fakültenin 2022 ve 2023 yılları faaliyetleri içerisindeki en önemli kilometre taşlarından biri tüm programlarda geniş kapsamlı müfredat değişikliği ve güncellemesi çalışmalarının yapılmasıdır. Bu çalışmaların sonucu olarak müfredatlarda gerçekleştirilen güncellemeler 2022-2023 ve 2023-2024 eğitim-öğretim yıllarında tüm öğrencilere uygulanarak hayata geçirilmiştir.
Fakültemiz; Üniversitemizin araştırma odaklı yüksek hedefleri doğrultusunda ileri teknolojiye dayalı araştırmalar yürütmeyi, yeni bilgi ve teknolojileri üretmeyi, yerel ve evrensel sorunlara çözümler geliştirerek toplumun gelişimine katkıda bulunmayı hedeflemektedir. Üniversitemizin vizyonu doğrultusunda merkezinde yapay zekanın yer aldığı araştırma ve geliştirme faaliyetlerini tüm mühendislik ve doğa bilimleri alanlarımız ile entegre etmek, hayatlarımıza dokunan ürünler çıkarmak Fakültemizin en önemli öncelikleri arasındadır. Araştırma potansiyeli yüksek, araştırma sonuçlarını faydaya dönüştürebilen, araştırma konuları geniş bir yelpazede olan ulusal ve uluslararası zengin bir akademisyen kadrosu ile yola devam etmekte ve sürekli olarak daha iyi olmak için çaba göstermektedir.
Kendimizi geliştirmenin, hayata daha etkili dokunabilen Ar-Ge çalışmaları içerisinde bulunmanın en etkin yollarından biri disiplinler arası etkileşimin sağlandığı ulusal ve uluslararası çalışma grupları içerisinde yer almaktır. Tüm akademisyenlerimiz yurtiçi ve yurtdışında bulunan diğer araştırma grupları ile iş birlikleri geliştirmeleri konusunda teşvik edilmektedir. Bunun en güzel örneklerinden biri CERN gibi dünyanın önde gelen temel araştırma ve teknoloji merkezlerinde görev alan akademisyenlerimizdir. Diğer bir örnek ise, Tıpta Yapay Zeka Uygulamaları Araştırma Merkezidir.
Fakültemizin eğitim anlayışı; Üniversitemizin misyonu ile bağlantılı olarak öğrenci merkezli ve sektörle iş birliği içinde yeni gelişmeleri sürekli takip eden, benimseyen, uygulayan bir yapıdadır. Amacımız; takım ruhuyla hareket eden, evrensel düzeyde rekabet edebilen, sorunlara akılcı yaklaşan, stratejik planlar yapan, bilgiye önem veren, bilimsel yolda ilerleyen, etik değerlere sahip, üreten, topluma karşı sorumlu bireyler, topluma yön veren yenilikçi ve girişimci liderler yetiştirmektir. Hayat boyu öğrenme felsefesine sahip, öğrenmeyi öğrenmiş, proje odaklı çalışan, üreten İstinyeli mezunları hayata kazandırmak hedeflenmektedir.